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中國科學(xué)院武漢病毒研究所始建于1956年，是專(zhuān)業(yè)從事病毒學(xué)基礎研究及相關(guān)技術(shù)創(chuàng )新的綜合性研究機構，同時(shí)擁有中國唯一一個(gè)p4（生物安全最高等級）生物實(shí)驗室，入選中國科學(xué)院知識創(chuàng )新工程，為湖北省暨武漢微生物學(xué)會(huì )和中國免疫學(xué)會(huì )青年工作委員會(huì )的掛靠單位。

中國科學(xué)院武漢病毒研究所針對人口健康、農業(yè)可持續發(fā)展和國家與公共安全的戰略需求，依托高等級生物安全實(shí)驗室團簇平臺，重點(diǎn)開(kāi)展病毒學(xué)、農業(yè)與環(huán)境微生物學(xué)及新興生物技術(shù)等方面的基礎和應用基礎研究。

據2020年8月研究所官網(wǎng)顯示，研究所設有5個(gè)研究中心，共設有34個(gè)研究學(xué)科組；在讀研究生325人；在職職工268人；擁有2個(gè)博士后科研流動(dòng)站，2個(gè)一級學(xué)科博士點(diǎn)，4個(gè)二級學(xué)科博士點(diǎn)（一級學(xué)科覆蓋），2個(gè)一級學(xué)科碩士點(diǎn)，4個(gè)二級學(xué)科碩士點(diǎn)（一級學(xué)科覆蓋），1個(gè)專(zhuān)業(yè)學(xué)位碩士點(diǎn)。

1956年，中國科學(xué)院武漢微生物研究室設立。

1961年11月，中國科學(xué)院武漢微生物研究室改名為中南微生物研究所。

1962年10月，中南微生物研究所改名為武漢微生物研究所。

1966年，中國科學(xué)院的地方分院撤消后歸屬湖北省領(lǐng)導。

1970年，改名為湖北微生物研究所。

1978年，科技大會(huì )前回歸中國科學(xué)院，改名為中國科學(xué)院武漢病毒研究所。

2002年，進(jìn)入中國科學(xué)院知識創(chuàng )新工程序列。

2003年，進(jìn)行一三五規劃。

2004年11月，經(jīng)國家科技部批準立項建設病毒學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗室；實(shí)驗室主管部門(mén)為國家教育部，依托單位為武漢大學(xué)和中國科學(xué)院武漢病毒研究所。

2012年1月，研究所中國病毒資源中心獲得中國質(zhì)量認證中心批準，獲得了ISO9001：2008質(zhì)量管理體系認證書(shū)、ISO14001：2004環(huán)境管理體系認證證書(shū)、GB/T28001-2001職業(yè)健康安全管理體系認證證書(shū)。 [7]  6月，中國科學(xué)院武漢病毒研究所鄭店科研園區動(dòng)物實(shí)驗中心投入運行。

2012年，成立武漢病毒所公共技術(shù)服務(wù)中心，由分析測試中心、BSL-3實(shí)驗室、實(shí)驗動(dòng)物中心、放射性同位素實(shí)驗室、網(wǎng)絡(luò )信息中心組成。

2014年，開(kāi)展大科學(xué)中心率先行動(dòng)計劃。

2015年1月，中國首個(gè)生物安全防護等級最高的實(shí)驗室——中國科學(xué)院武漢國家生物安全實(shí)驗室（即武漢BSL-4實(shí)驗室）建成。  12月，被評為湖北省文明單位。

2018年1月，武漢國家生物安全四級實(shí)驗室（BSL-4實(shí)驗室）通過(guò)國家驗收。

2016年7月，武漢病毒所舉行病毒學(xué)與生物安全綜合實(shí)驗研究基地奠基儀式。